운부암은 신라 선덕여왕 11년(서기 711) 의상대사가 창건하였다. 지세가 연꽃모양을 하고 있는 형국이라하여 연화지라 일컬어지는 명당이며 예적에는 팔공산 주인이 이곳에서 난다고 하였을 정도로 지기가 출중한 곳으로 알려졌다 한다. 성철스님이 수행하던 곳으로도 알려져 있다.
도량 옆 뜰에는 의상대사가 창건 당시 짚고 온 지팡이를 땅에 꽂으니 즉시 살아나 푸른잎이 돗아 났다는 일화가 전해지며 지금도 그나무가 살아 있다고 한다. 운부암은 창건 이래 근세 한국의 조사스님들의 근본 수행처로 전해지고 있으며 당시에는 남한의 2대 중심선원을 선산 도리사와 팔공산 운부암을 꼽았다고 한다. 밝혀진 바로는 경허, 만공선사로 부터 용산, 운봉, 경봉, 향곡, 한암, 팔봉, 청담, 성철스님 등 무수한 고승대덕들의 수행처로 규모와 위용을 떨쳤던 곳이기도 하다. 하지만 명맥이 잠시 끊겼다가 법타(法陀)스님이 은해사 주지로 부임하면서 48년간의 공백을 깨고 1998년 동안거부터 선원장인 불산스님이 개원해 13명의 납자가 정진에 몰두하는 도량으로 거듭나고 있다.
현재 운부암에는 신라말에 혜철국사가 인도에서 모셔왔다는 보물 제 514호로 지정된 청동 보살좌상을 비롯해 많은 성보가 소장되어 있다.
당우로는 원통전, 선원, 우이당, 보화루, 요사, 산신각, 독성각, 공양실 등으로 이루어져있다.